袁世凱就任臨時(shí)大總統(tǒng)后，任命段祺瑞為陸軍總長(zhǎng)。段極其飛揚(yáng)跋扈，曾逼得保定軍校校長(zhǎng)蔣百里自殺。段的專橫引起袁世凱的不滿，袁、段之間開(kāi)始出現(xiàn)裂痕。
袁世凱就任了臨時(shí)大總統(tǒng)之后，論功行賞，派人帶信給段祺瑞，讓他把湖北的事安排一下，第一軍軍統(tǒng)擬由段芝貴前來(lái)接任。來(lái)人對(duì)段祺瑞說(shuō)：“總統(tǒng)的意思，是要你回去做陸軍總長(zhǎng)?！?/p>
在內(nèi)閣各部中，陸軍部無(wú)疑是最重要的部之一，南方也在極力爭(zhēng)取該部總長(zhǎng)一職，提出由黃興出任陸軍總長(zhǎng)。袁世凱自然不會(huì)同意，于是決定把段祺瑞從湖北調(diào)回來(lái)。就這樣，段祺瑞成為民國(guó)以來(lái)北京政府的第一任陸軍總長(zhǎng)。
本來(lái)軍事方面按照體制應(yīng)由參謀部和陸軍部管理，然而參謀總長(zhǎng)黎元洪遠(yuǎn)在武漢，參謀次長(zhǎng)陳宦負(fù)責(zé)一些具體事務(wù)，真正的實(shí)權(quán)都掌握在陸軍部手里。陸軍部負(fù)責(zé)全國(guó)陸軍的調(diào)遣、擴(kuò)裁、軍需及人事任免等，段祺瑞大權(quán)在握，炙手可熱。袁世凱雖然信任段祺瑞，然而對(duì)功高震主、尾大不掉的段卻是始終警惕。
１９１２年３月１３日，他在總統(tǒng)府設(shè)立了兩個(gè)“左右手”組織，一個(gè)是秘書廳，一個(gè)是軍事處，一個(gè)是用來(lái)控制內(nèi)閣的，一個(gè)是用來(lái)試圖掌握軍權(quán)的。軍事處處長(zhǎng)原為同盟會(huì)的李書城，但他一點(diǎn)權(quán)力也沒(méi)有，連文件也看不到，不久便被氣走了，副處長(zhǎng)傅良佐是段祺瑞的門生部下，段祺瑞根本不把軍事處擺在眼里，軍事處的意見(jiàn)，他愛(ài)理不理。有時(shí)候連袁世凱的批示也拖著不辦，因而時(shí)常引起袁世凱的不快。
這年夏季，袁克定找到段祺瑞想在陸軍部安插一個(gè)同鄉(xiāng)，因?yàn)槎戊魅鸬睦^室是袁世凱的義女張佩蘅，袁克定便說(shuō)：“大哥，此事就拜托你了?！?/p>
段祺瑞當(dāng)了陸軍總長(zhǎng)，卻很少到部辦公，大小事情都由次長(zhǎng)徐樹錚一手操辦，而徐樹錚又極其跋扈，引起許多人的不滿，連袁世凱都有耳聞。
被推薦的人持袁克定的信函找到段祺瑞，段正在下圍棋，不耐煩地批個(gè)“交徐辦”，讓他去找徐樹錚，徐樹錚則讓秘書把批文留下。幾天后，那人來(lái)見(jiàn)徐，徐樹錚說(shuō)：“你去查查批文吧，我已經(jīng)批過(guò)了?！蹦侨艘詾槭虑橐呀?jīng)辦妥，高高興興地跑到秘書那里去查，只見(jiàn)批文是：“查本部已無(wú)空缺，批駁，驗(yàn)過(guò)?！?/p>
這自然讓袁克定大失面子，又在袁世凱面前提及此事：“陸軍部簡(jiǎn)直目中無(wú)人！有時(shí)連您的話也不放在心上?！痹绖P聽(tīng)了便說(shuō)：“徐樹錚這個(gè)人太狂妄了，芝泉怎么會(huì)用這樣的人！”袁世凱內(nèi)閣成員，后排左三為段祺瑞“我看未必。許多事情雖然是徐出面，背后要沒(méi)有段合肥支持，他敢這樣嗎？”袁世凱頓時(shí)沉下臉，“不要胡說(shuō)！”
然而，蔣方震自殺事件卻使袁世凱感到，段祺瑞是越來(lái)越不順心了。
蔣方震，字百里，曾是日本士官學(xué)校第三期學(xué)生，在考試中名列第一，從而成為中國(guó)留學(xué)生中獲得天皇授刀的第一人。在德國(guó)深造期間，又受德國(guó)軍事家小毛奇的賞識(shí)，回國(guó)后在禁衛(wèi)軍任職，不久晉升為陸軍少將。１９１３年冬，袁世凱任命他為保定軍校的校長(zhǎng)。然而，蔣方震的任命，袁世凱事先沒(méi)有與段祺瑞打招呼，段祺瑞很惱火，加之北洋軍事教育系段一手創(chuàng)建，而蔣方震想另搞一套，于是陸軍部便在經(jīng)費(fèi)、用人等方面橫加刁難。段的親信、陸軍部軍學(xué)司司長(zhǎng)魏宗翰更是視其為眼中釘。
蔣方震是個(gè)書生，一心埋頭軍事學(xué)，其才學(xué)為人所嫉，而他所提倡的德國(guó)化教育也使不少人反感。魏宗翰驕橫地說(shuō)：“蔣百里那一套根本行不通，就是行得通，軍學(xué)司這一關(guān)也過(guò)不了。”不久，由于軍校擴(kuò)建的事，蔣、魏二人發(fā)生了直接沖突。
軍校擴(kuò)建計(jì)劃是蔣方震花了不少心血精心制訂的，曾征得袁世凱的同意。蔣方震以為計(jì)劃指日可成，于是滿懷信心在全校師生大會(huì)上讀了這一計(jì)劃，但軍學(xué)司卻遲遲沒(méi)有下文。蔣方震于是通過(guò)傅良佐詢問(wèn)此事，魏宗翰以“需要研議”答復(fù)之?！把凶h”了很長(zhǎng)一段時(shí)間，蔣方震終于等不得，親自跑到陸軍部找魏宗翰，魏宗翰不客氣地說(shuō)：“你的計(jì)劃沒(méi)通過(guò)，部里拿不出這筆錢?！笔Y方震則說(shuō)，此事已經(jīng)向全校宣布過(guò)，何況袁總統(tǒng)和軍事處都表示贊同此事。
“那好，你的面子大，你去找總統(tǒng)！”魏宗翰諷刺道。蔣方震氣得渾身發(fā)抖，指著魏宗翰的鼻子罵：“我算認(rèn)識(shí)了你們這班狐群狗黨的下流軍人！”
回到保定后，蔣方震立即召集了全校師生，在講壇上痛哭流涕，表示自己上對(duì)不起國(guó)家，下無(wú)顏對(duì)同學(xué)，當(dāng)場(chǎng)掏出手槍自殺。幸虧貼身衛(wèi)兵李如意沖上去奮力奪槍，子彈才偏離心臟，僅使胸部受了重傷，搶救后脫離危險(xiǎn)。
魏宗翰之所以這么跋扈，就是因?yàn)橛卸戊魅鸬闹С?，袁世凱雖然不滿，但表面上也不便于說(shuō)什么。蔣方震傷好后，袁世凱委任他為陸海軍大元帥統(tǒng)率辦事處的參議，但陸軍部卻頂著不發(fā)委任狀，倘沒(méi)有段祺瑞的指使，誰(shuí)有這個(gè)熊心豹子膽？
這時(shí)候，袁世凱正與國(guó)民黨斗法，他指使人暗殺了宋教仁。內(nèi)閣總理趙秉鈞在此案中嫌疑很大，已成為眾矢之的，只好提出辭呈，袁世凱于是讓態(tài)度強(qiáng)硬、作風(fēng)武斷的段祺瑞代理國(guó)務(wù)總理。宋案未了，袁世凱背著國(guó)人與五國(guó)銀行團(tuán)簽訂“善后大借款”的消息也傳了出來(lái)，在國(guó)會(huì)中占優(yōu)勢(shì)的國(guó)民黨議員要求代總理段祺瑞到會(huì)回答質(zhì)問(wèn)。
這是５月上旬的一天，荷槍實(shí)彈全副武裝的士兵封鎖了國(guó)會(huì)的各個(gè)通道，包圍了會(huì)場(chǎng)。正當(dāng)議員惶惶之際，忽聽(tīng)得一聲“段總理到！”
士兵們紛紛立正，持槍敬禮。代總理段祺瑞身著陸軍上將服，挎著指揮刀，滿臉肅穆，在衛(wèi)兵的簇?fù)硐?，大步走進(jìn)會(huì)場(chǎng)，在議員們驚愕的目光下坐在主席臺(tái)上。全場(chǎng)鴉雀無(wú)聲，等著段祺瑞發(fā)話。段祺瑞就座后，將指揮刀豎在胸前，一臉殺氣。
當(dāng)一個(gè)議員提及“善后大借款”時(shí)，段祺瑞猛地站起，全場(chǎng)悚然一驚。段祺瑞環(huán)視一周，干巴巴地說(shuō)道：“木已成舟，勿庸再議。”
在段祺瑞眼里，國(guó)會(huì)質(zhì)問(wèn)真是多此一舉，議員們拿錢喝酒玩耍就成了，何必在這添亂子？
袁世凱要的就是段祺瑞的強(qiáng)硬，正好借之對(duì)南方用兵。結(jié)果，北洋軍在短短兩個(gè)月內(nèi)便鎮(zhèn)壓了二次革命，北洋勢(shì)力進(jìn)入長(zhǎng)江流域，而段祺瑞內(nèi)閣被稱為“戰(zhàn)時(shí)內(nèi)閣”。
二次革命失敗后，孫中山、黃興流亡海外。１０月初，袁世凱當(dāng)選為正式總統(tǒng)。１０月１０日，在太和殿舉行了總統(tǒng)就職和開(kāi)國(guó)紀(jì)念的盛大慶典，下午，北洋軍舉行了盛大閱兵式，由段祺瑞作檢閱總指揮長(zhǎng)。
天氣雖然不好，下起了雨，但閱兵卻極為成功，袁世凱極為滿意，說(shuō)：“我看陸軍總長(zhǎng)該記頭一功?！薄翱偨y(tǒng)過(guò)獎(jiǎng)了?！倍戊魅鹜妻o道。
雨越下越大，大家勸袁世凱回去休息，袁世凱臨走前，把自己的黑色呢披風(fēng)披到段祺瑞身上，說(shuō)：“都是自己人，不必推辭?！笔艽耸鈽s，段祺瑞極為感動(dòng)。不久，他又為袁世凱去了一塊心病。
副總統(tǒng)黎元洪是“開(kāi)國(guó)元?jiǎng)住保恢绷粼谖錆h，袁世凱對(duì)此很不放心，曾經(jīng)幾次想請(qǐng)黎元洪北上，都被黎巧妙地推辭了。這次，他決定讓段祺瑞出馬去武漢“勸駕”。
段祺瑞于１２月到達(dá)武漢，住在副總統(tǒng)官邸兩天。在段祺瑞的“勸駕”下，或許是由于在湖北的北洋軍第２師的“勸駕”，黎元洪北上。這時(shí)，袁世凱早就任命段祺瑞為湖北都督了。大局稍定，段祺瑞把湖北都督讓給了段芝貴，自己返回北京。一來(lái)一回僅兩個(gè)月，段祺瑞就幫袁世凱把黎元洪“請(qǐng)”進(jìn)了京，從而完成了對(duì)湖北的控制。
段祺瑞回到北京已是１９１４年１月了。此時(shí)，聲勢(shì)浩大的白朗起義在河南所向披靡，如入無(wú)人之境，揚(yáng)言要挖掉“托名共和，厲行專制”的袁世凱的祖墳，同時(shí)懲治了一些罪大惡極的外國(guó)人。各國(guó)駐華使節(jié)紛紛表示抗議和驚慌，袁世凱坐立不安，大罵河南都督張鎮(zhèn)芳和護(hù)軍使趙倜無(wú)能，準(zhǔn)備調(diào)段祺瑞去河南“剿匪”。１９１４年１月１４日晚８時(shí)，段祺瑞的專車抵達(dá)開(kāi)封。２月，段祺瑞代張鎮(zhèn)芳為河南都督，統(tǒng)一指揮豫、鄂、皖三省正規(guī)軍兩萬(wàn)多人圍剿白朗。８月，白朗戰(zhàn)死，起義失敗。
從這些事情看，段祺瑞不可不謂對(duì)袁世凱忠心耿耿，殫精竭慮。然而，隨著袁世凱地位日益鞏固，兩人矛盾也日益尖銳突出了，以至于到了段祺瑞連陸軍總長(zhǎng)也做不下去的地步。
段祺瑞秉性剛直，剛愎好強(qiáng)，對(duì)袁世凱盡心盡力卻不事趨奉，因而對(duì)袁世凱包辦一切的做法加以抵觸。袁世凱生性狐疑，加上旁人的挑撥，袁世凱對(duì)段祺瑞越來(lái)越不放心了。
１９１４年５月９日，袁世凱決定在原來(lái)總統(tǒng)府軍事處的基礎(chǔ)上，建立陸海軍大元帥統(tǒng)率辦事處，由他親自掌握，陸、海、參謀三部總長(zhǎng)均為辦事處的大辦事員，實(shí)際上是收回了分散于三部的軍權(quán)。事情一開(kāi)始，袁世凱瞞著段祺瑞，而讓坂西利八郎和王士珍參與籌劃，等到事情差不多時(shí)，才告訴段祺瑞。袁世凱的猜忌，使段祺瑞充滿了怨氣，他對(duì)身邊的人發(fā)牢騷說(shuō)：“當(dāng)年朝廷不信任項(xiàng)城，今天倒好，總統(tǒng)也不相信我了。如此下去，他還能信誰(shuí)呀？”
袁世凱聽(tīng)到了這話，解釋說(shuō)，當(dāng)時(shí)段祺瑞身在開(kāi)封，沒(méi)法與他商討，最后讓段祺瑞不要多心。段祺瑞更為寒心，自己的話怎么這樣快就傳進(jìn)了袁世凱的耳朵？
到了８、９月份，袁世凱決定成立模范團(tuán)。成立模范團(tuán)，表明袁對(duì)小站宿將的疑忌，要以模范團(tuán)來(lái)改造北洋軍，而袁克定于此事最為熱心。模范團(tuán)原準(zhǔn)備建成一個(gè)軍，但袁世凱怕引起北洋將領(lǐng)的反感與不安，于是縮小為師，繼而為團(tuán)，其實(shí)相當(dāng)于個(gè)混成旅。其人員配備，均由袁克定操縱，其裝備、待遇均優(yōu)于其他部隊(duì)，儼然成為袁世凱的“御林軍”。
段祺瑞對(duì)此事一直持反對(duì)態(tài)度，當(dāng)袁世凱問(wèn)他時(shí)也不置可否。以后統(tǒng)率辦事處又專門開(kāi)過(guò)幾次會(huì)商議模范團(tuán)的事，段祺瑞不是借故不到，就是到會(huì)一言不發(fā)。袁世凱本想讓袁克定當(dāng)團(tuán)長(zhǎng)，段祺瑞則當(dāng)面否定說(shuō)：“我看他不行吧?！卑胩鞗](méi)有結(jié)果，袁世凱怒氣沖沖地說(shuō)：“你看我行不行？”于是，袁世凱自兼模范團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)。段祺瑞嘴上不說(shuō)，心中暗自生氣。段祺瑞有個(gè)外號(hào)叫“段歪鼻”，一生氣就歪鼻子，但這種情況很少見(jiàn)，只有在他極其惱怒的情況下才出現(xiàn)。這一次，段祺瑞的鼻子又歪了。
１９１４年１０月，模范團(tuán)成立了，袁世凱自兼團(tuán)長(zhǎng)，但到第二期時(shí)，便把團(tuán)長(zhǎng)讓給了袁克定。模范團(tuán)一事，加深了袁氏父子和段祺瑞之間的裂痕。
段祺瑞反對(duì)袁世凱稱帝，被袁軟禁。當(dāng)“稱帝”受到全國(guó)反對(duì)之時(shí)，袁還是請(qǐng)出段出來(lái)平息風(fēng)波。袁死時(shí)，對(duì)段說(shuō)，一切都交給你了，段把袁的葬禮辦得隆重?zé)崃?，以示不忘知遇之恩?/p>
１９１２年３月，袁世凱想當(dāng)皇帝的謠言開(kāi)始流傳。６月２５日，他專門為此通電辟謠。到１９１３年９月二次革命被鎮(zhèn)壓下去后，袁的親信就有人進(jìn)言，隱隱地提到實(shí)行帝制。
段祺瑞是反對(duì)帝制的，他一直不相信袁世凱企圖做皇帝的說(shuō)法，多次在公開(kāi)和私下的場(chǎng)合為袁辯解。然而，流言越來(lái)越多，終于有一天徐樹錚告訴他，有人在暗中策動(dòng)袁世凱當(dāng)皇帝，段芝貴、雷震春、張鎮(zhèn)芳都是局中人，段祺瑞于是在一天晚飯后邀請(qǐng)段芝貴來(lái)打麻將。
打完麻將后，段祺瑞把段芝貴留了下來(lái)，問(wèn)他有關(guān)帝制的傳聞。段芝貴雖然一直熱心袁世凱當(dāng)皇帝，卻堅(jiān)決否認(rèn)袁世凱有這個(gè)企圖，而且表明自己也不清楚是怎么回事。最后，段芝貴問(wèn)：“假若，我說(shuō)的是假若，老頭子有此意思，你看法如何？”
“萬(wàn)萬(wàn)使不得！”段祺瑞毫不猶豫地說(shuō)，“此種事必遭天下人反對(duì)。”
不久，段祺瑞又問(wèn)雷震春，雷震春也矢口否認(rèn)。１９１４年春天，等到段祺瑞從開(kāi)封回到北京，袁世凱欲帝制自為的風(fēng)聲已經(jīng)路人皆知了。袁世凱先下令解散國(guó)會(huì)，推行新約法，成立政事堂，又大規(guī)模地恢復(fù)清朝制度和官場(chǎng)儀式。一時(shí)間，復(fù)古浪潮甚囂塵上，但袁世凱表面沒(méi)能承認(rèn)帝制，只在暗中慫恿和操縱。段祺瑞這時(shí)也不能不有幾分相信了，他決心對(duì)袁忠言相勸。當(dāng)他向袁世凱提及此事時(shí)，袁世凱卻平靜地反問(wèn)道：“你這些話從哪里聽(tīng)來(lái)？”
“外邊都傳得有聲有色，總統(tǒng)難道未曾耳聞？”
“荒唐！”袁世凱有些怒氣，“簡(jiǎn)直荒唐！”他停了一下，又說(shuō)，“這些都是無(wú)稽之談。有些人就愛(ài)無(wú)風(fēng)起浪，我總不能封住他們的嘴吧？”
“不過(guò)，此種傳聞對(duì)總統(tǒng)極為不利，對(duì)造謠惑眾者應(yīng)予嚴(yán)懲?！倍戊魅鸬姆胃詤s使袁世凱摸清了他對(duì)帝制的態(tài)度，感到這個(gè)昔日的左膀右臂在帝制的問(wèn)題上不能為自己出力，反而會(huì)橫加阻撓，于是產(chǎn)生了走馬換將的想法。然而，怎么樣才能明正言順地撤去段祺瑞呢？
１９１５年１１月，袁世凱公開(kāi)暗示了自己對(duì)帝制的態(tài)度，他說(shuō)：“宣統(tǒng)滿族，業(yè)已讓位，果要皇帝，自屬漢族，清系自明取得，便當(dāng)找姓朱的，最好是明洪武的后人，如尋不著，朱總長(zhǎng)（朱啟鈐時(shí)任交通總長(zhǎng)）也可以做?！保保苍拢玻橙?，袁世凱仿照歷代皇帝在天壇舉行了祭天儀式，把復(fù)古浪潮推向了頂峰。
在帝制活動(dòng)逐漸公開(kāi)之時(shí)，段祺瑞基于對(duì)袁世凱當(dāng)年的“知遇之恩”，再次慨然相勸，袁世凱卻模棱兩可，敷衍了事?？吹搅嗽绖P對(duì)談話心不在焉的樣子，段祺瑞動(dòng)情地說(shuō)：“總統(tǒng)，祺瑞自小站跟隨總統(tǒng)，鞍前馬后，將近二十年，總統(tǒng)知遇之恩，祺瑞沒(méi)齒難忘。如今國(guó)勢(shì)危殆，倘有變動(dòng)，后果不堪設(shè)想。祺瑞無(wú)知，赤誠(chéng)可鑒，望大總統(tǒng)三思?！?/p>
袁世凱也裝作推心置腹的樣子說(shuō)道：“芝泉，你是我的老部下，難道還不了解我嗎？我可以告訴你，皇帝我是絕不做的。如今我這個(gè)大總統(tǒng)與皇帝又有何異？如為兒孫計(jì)則更不可?？硕ㄊ莻€(gè)殘廢，其他幾個(gè)亦無(wú)此才能。你盡可放心，不要胡思亂想。”
段祺瑞一片愚忠，袁世凱考慮的卻是由何人來(lái)代替他任陸軍總長(zhǎng)。最先打算由蔡鍔取代段，但未能實(shí)現(xiàn)。袁世凱又轉(zhuǎn)而說(shuō)服王士珍，王士珍雖然與段祺瑞有矛盾，但兩人畢竟是小站的老朋友，也抹不下面子，極力推辭。老謀深算的袁世凱于是想釜底抽薪，調(diào)開(kāi)徐樹錚。
徐樹錚是段祺瑞的得力助手和智囊。此人聰明絕頂，才華出眾，１２歲時(shí)中了秀才，在小站時(shí)就投奔了段祺瑞，被送往日本士官學(xué)校學(xué)習(xí)，回國(guó)后，一直受到段的信任和重用。先后擔(dān)任軍學(xué)司司長(zhǎng)、軍馬司司長(zhǎng)兼管總務(wù)廳事，并創(chuàng)辦了陸軍部的機(jī)關(guān)報(bào)平報(bào)。１９１５年，升為陸軍次長(zhǎng)。段祺瑞經(jīng)常不到部里，陸軍部大權(quán)被徐樹錚掌握。如果調(diào)開(kāi)徐樹錚，等于砍去了段祺瑞一只胳膊，段在陸軍部的勢(shì)力自然大為削弱。
當(dāng)袁世凱婉言提出要調(diào)徐樹錚去參謀部時(shí)，段祺瑞竭力壓著心中的怨憤與怒氣，說(shuō)：“很好，請(qǐng)大總統(tǒng)先撤了我再說(shuō)吧?！?/p>
雖然這樣，段祺瑞仍苦口婆心地勸袁世凱不要冒天下之大不韙，這愈發(fā)引起袁世凱的厭憎之心。連徐樹錚都明白袁世凱是鐵了心要當(dāng)皇帝，段祺瑞去勸他只不過(guò)是徒費(fèi)口舌，而且會(huì)加劇兩人的分裂，段祺瑞卻一意孤行。
一次，段芝貴也勸段祺瑞：“老頭子向來(lái)很器重你，可你在帝制問(wèn)題上卻一直頂牛，他怎能不生氣呢？何況，總統(tǒng)、皇帝還不是一回事，你何必太認(rèn)真？”
段祺瑞皺著眉說(shuō)：“那可不是一回事。項(xiàng)城做總統(tǒng)，見(jiàn)面只要敬禮、拉拉手就可以了，如果做了皇帝，見(jiàn)他就得磕頭，話也得跪著說(shuō)。我最恨這種長(zhǎng)子變矮子的把戲。”段祺瑞不喜歡磕頭，他認(rèn)為自己身為軍人，軍禮則表示最大的敬意，當(dāng)年西太后從西安返回北京時(shí)，沿途官員、將領(lǐng)及清軍皆跪下迎接，惟有段祺瑞部皆站立持槍敬禮，表示最大的敬意。載灃加以嚴(yán)斥，段祺瑞毫不退讓，鬧到西太后那里。那拉氏經(jīng)八國(guó)聯(lián)軍之后，對(duì)洋人事事順從，聽(tīng)說(shuō)這是洋禮，也就默許了，事情就這樣不了了之。
段祺瑞對(duì)袁世凱的“虔誠(chéng)”卻被袁認(rèn)為是背叛。袁世凱對(duì)他說(shuō)：“你回去吧！我看你臉色不好，應(yīng)該休息了。”接著，有人上門來(lái)勸段祺瑞身體不好，應(yīng)該注意休息。１９１５年５月３１日，段祺瑞被迫稱病請(qǐng)辭，袁世凱假惺惺地給假兩個(gè)月。８月２９日，假期將滿之際，袁世凱正式解除了段祺瑞陸軍總長(zhǎng)的職務(wù)。
段祺瑞稱病后，袁世凱任命王士珍署理陸軍總長(zhǎng)，隨后又解除了徐樹錚陸軍次長(zhǎng)的職務(wù)，同時(shí)加強(qiáng)了對(duì)段祺瑞的監(jiān)視，在段府附近安排了不少密探，“病中”的段祺瑞實(shí)際上已被袁世凱軟禁。
８月１４日，以楊度為首的籌安會(huì)成立，段祺瑞大受震動(dòng)，先后兩次去總統(tǒng)府，但袁世凱避而不見(jiàn)。段祺瑞的續(xù)弦張夫人是袁世凱的義女，她是前清江西巡撫張芾的侄孫女，其父張瀛為袁世凱之至交，張瀛夫婦去世后，袁世凱便將張女收為義女撫養(yǎng)。兩家本來(lái)關(guān)系親密，現(xiàn)在卻難得走動(dòng)。
１９１５年１２月１２日，袁世凱帝制自為，改中華民國(guó)為中華帝國(guó)。次日，袁在居仁堂匆匆登基。段祺瑞沒(méi)有參加“登基大典”，他在公館與徐樹錚說(shuō)：“項(xiàng)城作孽啊！”
徐樹錚也慨嘆：“天作孽，猶可違；自作孽，不可逭?！?/p>
袁世凱稱帝后，果然如段祺瑞預(yù)料的一樣，局勢(shì)一發(fā)不可收拾，眾叛親離。袁世凱本來(lái)對(duì)軍事和外交一直充滿信心。外交上，他原以為“二十一條”簽署后，日本人會(huì)信守諾言支持帝制，結(jié)果卻不然。日本見(jiàn)抗議帝制的聲浪日益高漲，便開(kāi)始新的投機(jī)，先后聯(lián)合英、俄、法、意向袁世凱提出緩辦帝制的五國(guó)勸告，又在暗中協(xié)助蔡鍔、梁?jiǎn)⒊确丛耸坷@道日本進(jìn)入云南。這對(duì)袁世凱的打擊很嚴(yán)重。
軍事上也是一團(tuán)糟糕，北洋軍昔日的威風(fēng)蕩然無(wú)存。這時(shí)后院又起火，馮國(guó)璋聯(lián)絡(luò)長(zhǎng)江巡閱使張勛、江西將軍李純、山東將軍靳云鵬、浙江將軍朱瑞聯(lián)名發(fā)出致各省將軍的密電，征求撤銷帝制的意見(jiàn)。“五將軍密電”傳到北京，袁世凱知大勢(shì)已去，在四面楚歌聲中，只得把段祺瑞請(qǐng)了回來(lái)。段祺瑞是反對(duì)帝制的，但他不反袁，他說(shuō)：“要我公開(kāi)反對(duì)袁項(xiàng)城，做不到。否則，人家要指我脊梁骨，罵我忘恩負(fù)義?！?/p>
在徐世昌的建議下，袁世凱準(zhǔn)備請(qǐng)回段祺瑞，為了避免碰釘子，袁事先讓夫人于氏打電話到段公館給張夫人，這是兩家斷絕來(lái)往后母女第一次通話，相對(duì)哽咽。于夫人便把意思告訴了張夫人，并叮囑道：“不管咋說(shuō)，總統(tǒng)病了，芝泉總得來(lái)看看吧。”
次日，袁世凱派人手持親筆信函赴段公館邀請(qǐng)段祺瑞，來(lái)人還帶口信說(shuō)，總統(tǒng)讓轉(zhuǎn)告總長(zhǎng)，請(qǐng)看在多年的老交情上，務(wù)必前往一敘。段祺瑞不再推辭，到中南海拜晤袁世凱，袁世凱躺在病榻上，面色赤紅，但說(shuō)話正常。見(jiàn)到段祺瑞，袁表示自己后悔沒(méi)有聽(tīng)段的話，以致今日內(nèi)外交困，希望段念及小站的情分，出來(lái)穩(wěn)定局面。段祺瑞看到袁世凱又老又病的樣子，何況又認(rèn)了錯(cuò)，于是慨然答應(yīng)竭力相助。
３月２０日，袁世凱召集徐世昌、段祺瑞、黎元洪三巨頭開(kāi)了一次緊急會(huì)議。看到誰(shuí)也不肯先發(fā)言，袁世凱只好自己先說(shuō)：“事至今日，帝制已不可為，只有取消了。取消帝制后，可以恢復(fù)從前的樣子?！痹绖P的意思是想繼續(xù)擔(dān)任大總統(tǒng)，撤銷帝制是最后的讓步，在總統(tǒng)問(wèn)題上絕不妥協(xié)。“芝泉，你說(shuō)說(shuō)吧？”
段祺瑞自見(jiàn)到了袁世凱，便開(kāi)始考慮穩(wěn)定時(shí)局的措施，這時(shí)不慌不忙地說(shuō)出了幾點(diǎn)，主要意思是首先取消帝制，寬容西南起事人員，采取和平姿態(tài)達(dá)到停戰(zhàn)目的，其主張與袁世凱出山時(shí)向清廷提出的條件有驚人的相似處。袁世凱有些不快，然而說(shuō)道：“芝泉的意見(jiàn)很好，但若南方欺人太甚，得寸進(jìn)尺，那將怎么辦？”
段祺瑞說(shuō)現(xiàn)在不能一味用武，先退一步再說(shuō)，事情總有解決的辦法。看到段祺瑞表示取消帝制后，仍承認(rèn)他的大總統(tǒng)地位，袁世凱稍稍放了心。
第二天，袁世凱又召集有關(guān)人員，討論撤銷帝制問(wèn)題，并通過(guò)了關(guān)于取消帝制的電稿，送往印鑄局，準(zhǔn)備當(dāng)天晚上通電全國(guó)?？墒侵钡降诙?，也沒(méi)有見(jiàn)到通電。段祺瑞急了，連忙打電報(bào)詢問(wèn)，印鑄局說(shuō)電稿送來(lái)后不久又被袁世凱派人取回去了。段祺瑞吃驚不小，連忙會(huì)同徐世昌直奔中南海。
袁世凱面容平靜，淡淡地說(shuō)：“哦，是我叫人取回的?！蓖Ａ艘粫?huì)，又解釋道：“里頭有幾個(gè)字，我想改動(dòng)一下，改好后就讓人送回去。”段祺瑞和徐世昌都明白事情絕不會(huì)如此簡(jiǎn)單。
據(jù)說(shuō)袁克定知道電稿后，對(duì)袁世凱說(shuō)，西南方面不讓你做皇帝，你便取消帝制，若不滿你做總統(tǒng)，你怎么辦？遂有袁世凱撤回電稿之舉。然而撤回電稿之后怎么辦？
３月２２日，袁世凱還是發(fā)表了撤銷帝制的通電，宣布廢除洪憲年號(hào)，８３天的皇帝夢(mèng)結(jié)束了。
這一天段祺瑞回到家里，張夫人高興地迎上來(lái)說(shuō)：“老頭子終于醒了?！倍戊魅鹉樕蠀s露出了古怪的笑容。
３月２４日，段祺瑞與徐世昌商議，以黎、徐、段三人的名義致電西南護(hù)國(guó)軍首腦，表示“帝制取消，公等目的已達(dá)，務(wù)望先戢干戈，共圖善后”之意，黎元洪也表示同意。但段祺瑞沒(méi)有將電稿立即發(fā)出，而是想觀望一下，暗中摸摸西南方面的底?？墒?，大出意料的是，３月２８日，在他毫不知曉的情況下，電報(bào)竟然已經(jīng)發(fā)了出去。
段祺瑞簡(jiǎn)直氣歪了鼻子，他打電話給徐、黎二人，二人皆不知情，再打電話給總統(tǒng)府，才知道是袁世凱指示發(fā)出的。原來(lái)，袁見(jiàn)段遲遲不發(fā)這份電報(bào)，惟恐他態(tài)度有變，就指示把電稿發(fā)了。
段祺瑞覺(jué)得自己又被袁世凱愚弄了，怒氣沖沖地說(shuō)：“都到什么地步了，還要這么包打天下。好吧，你事事要管，那就讓你一個(gè)人去管吧！”
４月１日，袁世凱親擬了一份關(guān)于議和條件的電稿，派人送給段祺瑞征求意見(jiàn)，段祺瑞原封不動(dòng)地將此退回，袁世凱又派人送來(lái)，段對(duì)來(lái)人說(shuō)：“總統(tǒng)想怎么辦就怎么辦好了，不必來(lái)問(wèn)我?！?/p>
北邊袁、段出現(xiàn)新矛盾，南方卻咄咄逼人，要求袁世凱退位。４月中旬，蔡鍔、唐繼堯等聯(lián)名提出六項(xiàng)條件，這六項(xiàng)條件極其嚴(yán)厲：袁退位后免其一死，但必須逐出國(guó)外；誅帝制禍?zhǔn)讞疃鹊仁艘灾x天下；大典籌備費(fèi)用及用兵費(fèi)六千萬(wàn)，應(yīng)查袁氏及帝制禍?zhǔn)资说呢?cái)產(chǎn)賠償之；袁氏子孫三世應(yīng)剝奪公民權(quán)；依照民國(guó)約法，推舉黎元洪副總統(tǒng)繼任大總統(tǒng)；除國(guó)務(wù)外，文武官吏照舊供職，但關(guān)于軍隊(duì)駐地，要接受護(hù)國(guó)軍都督的指令。
南方要袁世凱退位，袁卻死抱著總統(tǒng)不放。段祺瑞撒手不管，北洋將領(lǐng)或主和或主戰(zhàn)，徐世昌這個(gè)不滿一個(gè)月的國(guó)務(wù)卿覺(jué)得夾在中間白白受氣，提出辭職。徐世昌辭職了，誰(shuí)來(lái)接替他呢？
袁世凱想到的還是段祺瑞，段祺瑞在反對(duì)帝制時(shí)與西南方面保持默契，與蔡鍔、梁?jiǎn)⒊纫灿新?lián)系，交涉起來(lái)有利。退一步，若和談不成動(dòng)用武力，段也是最佳人選。對(duì)于袁世凱的提議，段祺瑞也毫不客氣地提出一個(gè)先決條件：讓他做國(guó)務(wù)卿可以，但必須實(shí)行責(zé)任內(nèi)閣制，即由段祺瑞掌握實(shí)權(quán)。
內(nèi)外交困，袁世凱束手無(wú)策，只得做出讓步。４月２１日，他下達(dá)了恢復(fù)責(zé)任內(nèi)閣的電令。４月２２日，段祺瑞就任國(guó)務(wù)卿，開(kāi)始大刀闊斧地干起來(lái)。
首先，他撤政事堂改國(guó)務(wù)院，廢國(guó)務(wù)卿改國(guó)務(wù)總理，接著又提出裁撤統(tǒng)率辦事處、總統(tǒng)府機(jī)要局、軍政執(zhí)法處三機(jī)關(guān)，并收容模范團(tuán)、拱衛(wèi)軍為陸軍部。袁世凱得知后，氣得渾身發(fā)抖，連連罵道：“段芝泉?jiǎng)e有用心！別有用心！”
段祺瑞大權(quán)在握，則主張和平解決，反對(duì)用兵，但西南方面卻堅(jiān)持和平解決的前提是袁世凱必須引退。段祺瑞也只好拖著日子，袁世凱疑心又起。這時(shí)，蔡鍔、梁?jiǎn)⒊衷竿婆e段為攝政取代總統(tǒng)，袁世凱對(duì)段祺瑞更加猜疑，在許多事情上暗中掣肘，袁、段兩人的沖突連連不斷。
段祺瑞提出徐樹錚任國(guó)務(wù)院秘書長(zhǎng)，秘書長(zhǎng)雖不是閣員，但卻是總理的直接助手，比閣員還重要，袁世凱卻主張由原政事堂機(jī)要局局長(zhǎng)王式通擔(dān)任。段祺瑞當(dāng)然不愿身邊多一個(gè)袁世凱的心腹，于是托王士珍向袁世凱說(shuō)項(xiàng)。王士珍老奸巨猾，表面答應(yīng)，其實(shí)根本不提，段祺瑞又讓張國(guó)淦和袁世凱說(shuō)，袁世凱以總理是軍人，秘書長(zhǎng)再弄個(gè)軍人不合適為由推辭。張國(guó)淦無(wú)可奈何，回去見(jiàn)段祺瑞，段祺瑞勃然變色，鼻子立時(shí)向左歪斜。
段祺瑞的和平方案沒(méi)有進(jìn)展，袁世凱卻慫恿徐、皖、魯、奉、吉六將軍公開(kāi)電請(qǐng)武力解決，不惜一戰(zhàn)，段祺瑞則堅(jiān)決反對(duì)。袁世凱大怒道：“和又和不了，戰(zhàn)又不想戰(zhàn)，你到底想干什么？”
段祺瑞也毫不客氣地回答：“如果總統(tǒng)堅(jiān)持用兵，那我只有辭職?！?/p>
果真，段祺瑞立即遞上辭呈。袁世凱又氣又恨，索性撇開(kāi)段祺瑞，親自出面主持對(duì)西南的軍事行動(dòng)。然而此時(shí)的袁世凱已是心有余而力不足，坐鎮(zhèn)江寧的馮國(guó)璋態(tài)度曖昧，四川將軍陳宦、湖南將軍湯薌茗通電獨(dú)立。終于，５８歲的袁世凱一病不起。
１９１６年６月５日，袁世凱病情陡然惡化。于夫人哭著告訴了張夫人，總統(tǒng)病危，急欲見(jiàn)段祺瑞一面。段祺瑞火速趕到懷仁堂。
段祺瑞
聽(tīng)到段祺瑞來(lái)了，袁世凱睜開(kāi)眼，微微點(diǎn)頭示意。段祺瑞彎下腰，壓低聲音問(wèn)道：“總統(tǒng)，有何吩咐？”
袁世凱半晌不做聲，而后對(duì)段祺瑞說(shuō)：“芝泉，今后一切都要靠你了。”
這是袁世凱對(duì)段祺瑞的臨終囑托，不知是希望段祺瑞照顧好袁家，還是主持大局，抑或兩者兼而有之。次日上午，袁世凱病逝。
袁世凱一死，段祺瑞對(duì)袁家完全拋棄了以前的怨恨，對(duì)袁世凱進(jìn)行了隆重的國(guó)葬，表現(xiàn)了對(duì)袁的極大忠誠(chéng)。
段祺瑞通令全國(guó)下半旗致哀，停止娛樂(lè)一天，學(xué)校停課一天，文武官吏停止宴會(huì)２７天，在財(cái)政幾乎崩潰的情況下，撥銀幣５萬(wàn)元作為喪葬費(fèi)，成立恭辦喪禮處，內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)王揖唐和周自齊等籌辦大喪典禮，段祺瑞率各部總長(zhǎng)輪流守靈，河南巡按使負(fù)責(zé)營(yíng)建袁氏之墓，占地近１４０畝，工程持續(xù)兩年才完成。
６月２３日，段祺瑞以總理身份主持政府公祭，各國(guó)使節(jié)、文武大員盡數(shù)到場(chǎng)。靈車用的是當(dāng)年運(yùn)送慈禧太后棺柩的豪華膠輪車，并派馬、步兵近兩個(gè)團(tuán)護(hù)送，段祺瑞親自扶柩送至前門車站。
府院之爭(zhēng)，以黎元洪失敗而告終，但黎又請(qǐng)來(lái)辮帥張勛，張解散國(guó)會(huì)，扶溥儀重登帝位，引起全國(guó)反對(duì)。段祺瑞乘機(jī)在馬廠誓師，反對(duì)帝制，自稱再造共和。
袁世凱死后，副總統(tǒng)黎元洪繼任大總統(tǒng)職，為了平息與西南方面的紛爭(zhēng)，段祺瑞同意恢復(fù)臨時(shí)約法和召集國(guó)會(huì)，于是南北融合，氣象一新。
然而，國(guó)內(nèi)和平剛一實(shí)現(xiàn)，黎、段之間的矛盾馬上繼之而來(lái)。段祺瑞依然是段祺瑞，而黎元洪不是袁世凱，段祺瑞根本不把他放在眼里，不僅段祺瑞驕橫，連徐樹錚及手下人對(duì)黎元洪也十分無(wú)禮。
一次，國(guó)務(wù)院任命了幾位外省的廳長(zhǎng)，徐樹錚拿著委任令去總統(tǒng)府蓋印。黎元洪見(jiàn)名單上的幾個(gè)人名字很陌生，便隨口問(wèn)了一下。徐樹錚便不耐煩了，用訓(xùn)斥地口氣說(shuō)道：“你問(wèn)那么多干什么？讓你蓋印你只管在最后一頁(yè)蓋就是了。我還忙得很，哪有閑工夫？”黎元洪氣得臉色發(fā)白。
黎元洪忍氣吞聲，其幕僚憤憤不平，于是和國(guó)會(huì)中反段力量聯(lián)合。國(guó)會(huì)中“韜園派”反段最為激烈，首腦是段祺瑞最討厭的孫洪伊。孫洪伊進(jìn)京后，與黎元洪商議提出聯(lián)直排皖、聯(lián)馮排段的計(jì)劃。
面對(duì)總統(tǒng)與總理的沖突，總統(tǒng)府秘書長(zhǎng)張國(guó)淦兩面為難，于是干脆辭職撒手不干，接替他的是總統(tǒng)府方面強(qiáng)硬的代表丁世嶧。丁一上任便提出要?jiǎng)澐指簷?quán)限，這一提議仿佛在熱油鍋里灑了水。段祺瑞氣得一拍桌子道：“好吧！我不干了，讓黎黃陂一個(gè)人干吧！”
段祺瑞甩手不管，黎元洪害怕了，趕緊找人向段表白，同時(shí)也向他訴苦，反映國(guó)務(wù)院某些人目無(wú)總統(tǒng)。段祺瑞也不想把事情鬧大，趁機(jī)重新視事，同時(shí)對(duì)部下作了一些約束。
一波未平，一波又起，國(guó)務(wù)院內(nèi)狼煙四起，鬧事的是內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)孫洪伊。
事情起因很多，主要緣于一件事，國(guó)務(wù)院任命郭宗熙為吉林省省長(zhǎng)和查辦福建省長(zhǎng)胡瑞霖案。因?yàn)閲?guó)務(wù)總理發(fā)布的命令還需經(jīng)分管的總長(zhǎng)副署方可生效，而徐樹錚為了免得孫洪伊從中作梗，直接越過(guò)了孫洪伊。孫洪伊自然得理不讓人，要求查辦徐樹錚，段祺瑞想把大事化小，孫洪伊一氣之下便遞辭呈。后來(lái)雖然未辭成，卻埋下了禍因。
徐樹錚受了孫洪伊的氣，發(fā)誓要進(jìn)行報(bào)復(fù)。機(jī)會(huì)來(lái)了，孫洪伊撤換了袁世凱時(shí)代的內(nèi)務(wù)部舊職員３０余名，這些人或多或少與北洋高級(jí)官員有聯(lián)系，事情捅到了段祺瑞那里。
有了總理的支持，被解職的人員便向政府仲裁機(jī)構(gòu)平政院提出訴訟，平政院也明白總理在背后撐腰，便判決原告勝訴，要內(nèi)務(wù)部限期撤銷解職令。孫洪伊不干，聲稱平政院是袁世凱私立機(jī)構(gòu)，其判決不足為據(jù)。
事情弄到這個(gè)份上，段祺瑞便不能不說(shuō)話了。他要孫洪伊接受裁決，孫洪伊索性橫下心來(lái)，堅(jiān)決不同意。段祺瑞氣得火冒三丈，說(shuō)：“你這是結(jié)黨營(yíng)私，濫用私人！平政院的判決我看很合理，難道就沒(méi)人管得了你了？”
孫洪伊索性撕下了臉，大聲道：“我撤除的是帝制余孽，官?gòu)d不能成為庇護(hù)他們的場(chǎng)所?！?/p>
段祺瑞決心除去孫洪伊，于是簽署了罷免令。黎元洪大吃一驚，壓下了這道命令。徐樹錚催促了四次，都無(wú)結(jié)果。
段祺瑞被激怒了，親自出馬見(jiàn)黎元洪，氣沖沖地問(wèn)：“孫洪伊的罷免令已經(jīng)送來(lái)好幾天了，大總統(tǒng)不會(huì)不知道吧？”
黎元洪支支吾吾，說(shuō)應(yīng)當(dāng)慎重考慮這件事，段祺瑞火冒三丈，說(shuō)：“照你這么說(shuō)，我是不慎重了？”
“這個(gè)，唔，這個(gè)……”
“那好，大總統(tǒng)既不免他的職，就請(qǐng)免我的職吧！”
孫洪伊的事使段祺瑞與黎元洪鬧僵了，于是請(qǐng)來(lái)徐世昌調(diào)解。徐世昌哪邊也不得罪，擺出一副公允的姿態(tài)，兩邊各打五十大板，提出孫洪伊和徐樹錚同時(shí)免職。黎元洪自然明白自己不可能取得最后勝利，打個(gè)平手也就滿意了。但卻不知段祺瑞意下如何，又轉(zhuǎn)請(qǐng)?jiān)S世英向段祺瑞提這個(gè)方案。
許世英時(shí)任交通總長(zhǎng)，是段的大同鄉(xiāng)，而且兩人有金蘭之好，是段祺瑞的親信，他在和段祺瑞下棋的時(shí)候委婉地說(shuō)出了徐世昌的建議。段祺瑞考慮良久，說(shuō)：“你去對(duì)黎黃陂說(shuō)要免丁世嶧一起免?！?/p>
于是，孫洪伊、徐樹錚、丁世嶧先后被免職，事情暫告一段落。
１９１７年２月，段祺瑞和黎元洪因?yàn)閷?duì)德問(wèn)題再次產(chǎn)生尖銳的沖突，并導(dǎo)致了兩人之間的徹底決裂。
１９１７年２月３日，美國(guó)宣布與德國(guó)絕交，段祺瑞和黎元洪一致贊成對(duì)德宣戰(zhàn)。首先，在２月９日，內(nèi)閣通過(guò)了對(duì)德國(guó)潛艇政策提出抗議的決定，這是中國(guó)對(duì)德國(guó)采取的第一個(gè)外交步驟。
３月３日，在段祺瑞的主持下，內(nèi)閣會(huì)議又順利地通過(guò)了對(duì)德絕交案。次日，段祺瑞率全體閣員到總統(tǒng)府請(qǐng)黎元洪在對(duì)德絕交咨文上蓋印，黎元洪卻一反以前贊同的態(tài)度，拒絕蓋印。問(wèn)題出在什么地方？
是帝國(guó)主義在背后搗鬼！
黎元洪走的是親美路線，美國(guó)人對(duì)德絕交，他自然緊隨其上，而段祺瑞是親日派，美、日帝國(guó)主義都希望通過(guò)促使中國(guó)參戰(zhàn)而取得在中國(guó)的霸權(quán)。于是美國(guó)一旦發(fā)現(xiàn)了中國(guó)參戰(zhàn)對(duì)日本的好處遠(yuǎn)大于己，馬上就改變主意，不再支持中國(guó)參戰(zhàn)。
段祺瑞氣勢(shì)洶洶，黎元洪卻以不變應(yīng)萬(wàn)變，支支吾吾加以拖延。
“這么說(shuō)，大總統(tǒng)是反對(duì)對(duì)德絕交了？”
“這個(gè)，我的意思是，此乃大事，需慎重考慮。再者，絕交是宣戰(zhàn)之先聲，如今各省軍人大多反對(duì)參戰(zhàn)。在做出決定之前，也應(yīng)該統(tǒng)一軍界的意見(jiàn)吧？”
黎元洪的話激起了段祺瑞心頭的無(wú)名之火，他頂撞道：“軍界的事，無(wú)須總統(tǒng)操心，大總統(tǒng)只要蓋印即可，其余的事自有祺瑞應(yīng)付?！?/p>
黎元洪則無(wú)論段祺瑞怎么說(shuō)，仿佛泥菩薩一般，死活不吭聲。
黎元洪不蓋印，段祺瑞便使出殺手锏，撂下挑子乘專車出走天津。協(xié)約國(guó)公使紛紛表示關(guān)切，北洋軍人也來(lái)湊熱鬧，要求挽留段祺瑞。黎元洪無(wú)計(jì)可施，嘆口氣說(shuō)：“外交上的事就由段總理主持，只要國(guó)會(huì)通過(guò)，我將依法辦理，絕不加以干涉?！?/p>
３月６日，段祺瑞在副總統(tǒng)馮國(guó)璋和眾議院議長(zhǎng)湯化龍的勸說(shuō)下，回到北京。３月１４日，北京政府宣布對(duì)德絕交。
絕交之后自然是宣戰(zhàn)，段祺瑞擔(dān)心的是軍人的態(tài)度，急電各省督軍進(jìn)京商討。各省督軍原本有不少人反對(duì)宣戰(zhàn)，他們害怕讓他們派兵作戰(zhàn)，損害自己的實(shí)力。段祺瑞明白他們的心思，明確告訴他們，宣戰(zhàn)無(wú)須出兵，中國(guó)派遣勞工去歐洲即可。各省督軍一聽(tīng)，心上的石頭落了地，紛紛表示服從總理的意志。
４月２５日，督軍會(huì)議在京召開(kāi)。各省督軍和代表一致贊成段內(nèi)閣外交政策，并在寫有“贊成總理外交政策”的紙上簽了名，給黎元洪施壓。
５月１日，內(nèi)閣舉行會(huì)議，督軍團(tuán)居然要求參加。有人說(shuō)軍人干政，傅良佐卻辯解道：“軍人也是國(guó)民的一員，對(duì)國(guó)事發(fā)表意見(jiàn)，怎能說(shuō)是干政？大總統(tǒng)這么害怕軍人的意見(jiàn)，難道是心中有鬼不成？”
參加內(nèi)閣會(huì)議的閣員可憐只有三人：海軍總長(zhǎng)程璧光、司法總長(zhǎng)張耀曾、農(nóng)商總長(zhǎng)谷鐘秀，軍人倒有一大班，于是宣戰(zhàn)案順利通過(guò)。段祺瑞趁熱打鐵，利用督軍團(tuán)使國(guó)會(huì)和總統(tǒng)屈服。黎元洪這里順利通過(guò)了，但國(guó)會(huì)卻出了問(wèn)題。
本來(lái)國(guó)會(huì)通過(guò)宣戰(zhàn)案問(wèn)題并不大，湯化龍、梁?jiǎn)⒊缇驮谧h員中活動(dòng)支持段祺瑞，但是傅良佐卻幫了倒忙。
段祺瑞
５月８日，段祺瑞到國(guó)會(huì)解釋對(duì)德政策并接受質(zhì)詢，他矢口否認(rèn)中國(guó)參戰(zhàn)背后有著中日幕后交易，聲稱宣戰(zhàn)是本著正義的需要。當(dāng)兩院即將討論提案的時(shí)候，各地人民團(tuán)體紛紛來(lái)電支持宣戰(zhàn)，北京城中也出現(xiàn)一些“自發(fā)”的群眾的代表強(qiáng)烈要求對(duì)德宣戰(zhàn)，段祺瑞聞之十分滿意，殊不知這是傅良佐背著他搞的把戲，一些外地人民團(tuán)體的電報(bào)實(shí)際上都是傅良佐派人從北京電報(bào)局發(fā)出的。
５月１０日下午，成群的“自發(fā)公民”包圍了眾議院大樓，他們或搖旗吶喊，或散發(fā)“請(qǐng)?jiān)笗保械纳踔陵J進(jìn)議長(zhǎng)辦公室，要求湯化龍?jiān)试S公民代表列席討論?！肮駡F(tuán)”的行徑引起了眾議員的義憤，大家集體罷會(huì)以示抗議，并準(zhǔn)備離開(kāi)會(huì)場(chǎng)，于是一場(chǎng)騷亂發(fā)生了。
傅良佐急于求成，結(jié)果弄巧成拙，反而使段祺瑞的宣戰(zhàn)案中途告吹，內(nèi)閣總長(zhǎng)紛紛辭職，只剩下一個(gè)光桿總理了。
段祺瑞決定堅(jiān)持下去，他一面醞釀新的閣員，一面授意滯京的部分督軍和代表們，繼續(xù)對(duì)國(guó)會(huì)施壓，企圖重開(kāi)議會(huì)通過(guò)宣戰(zhàn)案。
然而，一個(gè)毀滅性的新聞給了段祺瑞致命的打擊，英文京報(bào)披露中日秘密簽訂了一億元的軍事借款。段祺瑞在國(guó)會(huì)所作關(guān)于中日之間絕無(wú)秘密外交的證詞完全是一個(gè)謊言！
令人意外的是，一向軟弱可欺的黎元洪突然挺直了腰桿，下令免去了段祺瑞國(guó)務(wù)總理和陸軍總長(zhǎng)的職務(wù)。５月２３日，張國(guó)淦聽(tīng)說(shuō)黎元洪要免段，剛想開(kāi)口勸說(shuō)，站在一邊的金水炎沖了過(guò)去，拔出手槍對(duì)準(zhǔn)張國(guó)淦：“不許開(kāi)口！開(kāi)口我就打死你！”
段祺瑞氣得鼻子又歪了。他的鼻子惟有盛怒的時(shí)候才會(huì)歪，這種情況少得很，而像這次鼻子居然向左邊歪了二指多則更是少之又少，不但是空前，或許也是絕后的了。
黎元洪的強(qiáng)硬是因?yàn)樗馔獾氐玫揭晃粚?shí)力派人物的支持，這位實(shí)力派人物就是大名鼎鼎的定武上將軍、長(zhǎng)江巡閱使，號(hào)稱十三省大盟主的辮子大帥張勛。張大帥明確向黎總統(tǒng)表示，隨時(shí)準(zhǔn)備奉召入京，維護(hù)治安，黎元洪得此許諾，腰桿頓時(shí)硬了，信心大增，覺(jué)得可以藉此與段祺瑞斗法，于是出現(xiàn)了上一幕。
段祺瑞沒(méi)想到黎元洪敢免他的職，怒氣沖沖地離開(kāi)北京去天津，并發(fā)表通電表示不承認(rèn)黎元洪的免職令。一時(shí)間，倪嗣沖、陳樹藩、張作霖、趙倜、曹錕等各省督軍紛紛通電響應(yīng)，指責(zé)黎元洪是個(gè)“奸人”，甚至要誓師北伐。
北京局勢(shì)動(dòng)蕩不安，各國(guó)使節(jié)紛紛表示“憂慮”，新任命的國(guó)務(wù)總理李經(jīng)羲不敢到京上任。黎元洪如坐針氈，無(wú)奈之下，急電調(diào)張勛入京。
１９１７年６月７日，張勛率六千辮子軍向北京進(jìn)發(fā)。在民初軍界中，張勛是一大怪物，民國(guó)六年了，他依然垂著一條辮子，并且聲稱：“誰(shuí)敢碰一碰我的辮子，我就和他同歸于盡?！弊匀?，他的定武軍也是名符其實(shí)的“辮子軍”了。張勛一向目空一切，以前輩自居，不將段祺瑞和馮國(guó)璋放在眼里，這次支持黎元洪，自然有他的小九九。
張勛是想借帶兵入京調(diào)停之機(jī)，行復(fù)辟之實(shí)，把溥儀從紫禁城中重新請(qǐng)出來(lái)。張勛主張復(fù)辟一事，已是眾人皆知，但關(guān)鍵是什么時(shí)候干這件事。張勛入京經(jīng)過(guò)天津時(shí)，曾和段祺瑞有幾次會(huì)晤。段祺瑞曾不止一次勸他不要搞復(fù)辟，并且鄭重地表示：“你如復(fù)辟，我一定打你。”張勛也表示：“復(fù)辟不能變更，但目前還不想辦?！钡诎档乩?，張勛已經(jīng)是：“雖千萬(wàn)人，吾往矣”的態(tài)度，聲稱即便赴湯蹈火，也在所不辭。
黎元洪沒(méi)想到自己搬來(lái)的救星成了災(zāi)星，張勛勒令他三天內(nèi)解散國(guó)會(huì)。７月１日，北京的大街小巷飄起了大清國(guó)的龍旗。７月２日，黎元洪秘密簽署了免去李經(jīng)羲總理的命令。特任段祺瑞為國(guó)務(wù)總理，并命其討伐張勛，同時(shí)，簽發(fā)了請(qǐng)馮國(guó)璋代行大總統(tǒng)職務(wù)的電報(bào)，自己于７月３日躲進(jìn)了東交民巷。
張勛不聽(tīng)勸告，抬出了溥儀。段祺瑞敲著桌子說(shuō)：“只有打了，這可是他逼我這樣做的?！?/p>
７月２日凌晨，段祺瑞來(lái)到了駐在馬廠的李長(zhǎng)泰第八師。下午，梁?jiǎn)⒊诧L(fēng)塵仆仆地趕到馬廠，段祺瑞親自迎接，寒暄道：“任公上任，軍威大振。”７月４日，段祺瑞以討逆軍總司令的名義，發(fā)出討伐張勛的通電和發(fā)布討逆檄文，馮國(guó)璋在南京通電響應(yīng)。７月５日，先頭部隊(duì)向天津進(jìn)發(fā)，梁?jiǎn)⒊謺宦?lián)贈(zèng)李長(zhǎng)泰，聯(lián)云“上將軍段祺瑞討叛國(guó)逆張勛?！?/p>
７月５日，戰(zhàn)斗打響了。討逆軍以壓倒優(yōu)勢(shì)猛攻，辮子軍倉(cāng)皇失措，向城里潰敗。航空學(xué)校的兩架飛機(jī)也奉命飛到辮子軍陣地投擲炸彈，之后又飛臨紫禁城上空進(jìn)行轟炸。據(jù)說(shuō)這是中國(guó)軍事史上首次使用飛機(jī)作戰(zhàn)。
到７月１２日晨，全城只剩下南河沿張勛住宅仍在抵抗。這時(shí)，一輛插著荷蘭國(guó)旗的車通過(guò)陣地駛進(jìn)張勛的公館，這輛汽車是來(lái)接張勛的。車上有一德國(guó)人，兩個(gè)荷蘭人和一個(gè)翻譯。張勛家人已經(jīng)避往荷蘭使館，只剩下張勛和二太太邵夫人。張勛死活不肯上車，幾個(gè)外國(guó)人急了，不由分說(shuō)架著張勛上了車。
北京城又飄起了五色國(guó)旗。
平定張勛復(fù)辟是段祺瑞一生頗為自得的事，繼他發(fā)電威脅清帝退位“一造共和”后，段祺瑞在六年后又“再造共和”了。
